按照每筆付款的金額分別入賬就行了，按：存貨/原材料。

應交稅費-應交增值稅(進項稅)

貸：銀行存款

借：應付員工-老板

貸：銀行存款

借方：管理費用(工資金額)

貸款：應付職工工資

當然，既然是支付貨款，對方需要開具增值稅專用發票。如果對方不開發票或者只開普通票，稅額是不能抵扣的，老板領工資還要交個人所得稅。